Tetapi AD/ART badan otonom ini tidak bertentangan dengan AD/ART rumah tangga Nahdlatul Wathan.

Sedangkan lembaga dalam hal merupakan wadah di dalam organisasi Nahdlatul Wathan, tetapi tidak mempunyai AD/ART sendiri.

Lembaga Nahdlatul Wathan dalam melaksanakan kegiatan berpatokan pada tata tertib, atau juklak, dan/atau juknis.

Dikutip dari nwonline.or.id, berikut badan otonom yang ada di Nahdlatul Wathan, antara lain:

1. Muslimat Nahdlatul Wathan

Muslimat Nahdlatul Wathan merupakan wadah berhimpunnya perempuan-perempuan Nahdlatul Wathan yang sudah berkeluarga.

Tujuan didirikannya organisasi ini adalah untuk meningkatkan peranserta perempuan Nahdlatul Wathan dalam menyiapkan kader-kader Nahdlatul Wathan.

Sekaligus berkiprah langsung dalam kegiatan-kegiatan organisasi Nahdlatul Wathan.

2. Pemuda NW

Pemuda Nahdlatul Wathan merupakan wadah berhimpunnya generasi muda Nahdlatul Wathan yang sudah berumur 17 tahun sampai 35 tahun.

Pemuda Nahdlatul Wathan bertujuan untuk membina generasi muda Nahdlatul Wathan agar menjadi kader-kader Nahdlatul Wathan yang militan dan siap berperan di mana dan kapan saja.

3. Nahdliyat NW

Nahdliyat Nahdlatul Wathan adalah wadah berhimpunnya putri-putri Nahdlatul Wathan sebelum menikah.

Nahdliyat Nahdlatul Wathan bertujuan untuk membina putri Nahdlatul Wathan agar menjadi orang yang berguna bagi agama, nusa, bangsa dan negara melalui organisasi Nahdlatul Wathan.

4. Ikatan Sarjana NW (ISNW)