SBY bersama JK pun mencalonkan diri sebagai Capres dan Cawapres, bersaing bersama lima pasangan lainnya, yaitu Wiranto-Salahuddin Wahid, Megawati-Hasyim Muzadi, Amien Rais-Siswono Yudo Husodo, dan Hamzah Haz-Agum Gumelar.
SBY-JK memenangkan putaran pertama dan di urutan kedua ada Megawati-Hasyim Muzadi. Mereka mengikuti Pilpres putaran kedua, SBY-JK memenangkan pertarungan. Megawati pun harus merelakan kursi presiden untuk SBY.
Sejak saat itu, hubungan SBY dan Mega dikabarkan menegang. Pada Pilpres 2009, SBY yang berpasangan dengan Boediono lagi-lagi mengalahkan Mega yang berpasangan dengan Prabowo Subianto.
Hubungan SBY-Mega pun semakin memanas meski keduanya tidak pernah secara blakblakan bicara mengenai relasi mereka.
Eskalasi politik antara SBY dan Mega begitu terasa selama 2005-2014. Selama 10 tahun SBY memerintah, Mega tidak pernah sekalipun menghadiri upacara HUT Kemerdekaan RI di Istana Negara.
Meski demikian, SBY sempat bertemu Mega untuk melayat saat suami Mega, Taufiq Kiemas meninggal dunia pada Juni 2013. SBY kala itu memimpin upacara penghormatan terakhir untuk Taufiq Kiemas.
Mega baru menghadiri upacara HUT RI di Istana Negara setelah Jokowi menjabat sebagai presiden. Sementara SBY yang sudah tak lagi menjabat presiden, absen upacara HUT RI di Istana Negara selama dua tahun.
Suami Ani Yudhoyono ini baru kembali menghadiri HUT RI di Istana Negara pada 2017.
Momen tersebut menjadi reuni pertama SBY dan Mega yang sudah tak bertemu selama hampir 13 tahun. Pada momen itu, SBY dan Mega bersalaman dan bertegur sapa. Sejak saat itu, keduanya beberapa kali bertemu dalam acara kenegaraan, seperti di Upacara HUT ke-74 TNI di Lanud Halim Perdanakusuma, Jakarta Timur tahun 2019.
Semeja saat KTT G20 di Bali
SBY dan Mega kembali bertemu saat KTT G20 di Bali pada 15 November 2022. Dalam momen tersebut, keduanya duduk satu meja bersama JK, Try Sutrisno, Hamzah Haz, hingga Puan Maharani.
Anggota Majelis Tinggi Demokrat, Syarief Hasan, mengatakan pertemuan itu menunjukan hubungan SBY dan Mega baik-baik.
"Ya saya pikir (hubungan SBY dan Mega) baik-baik saja, tidak ada sesuatu yang perlu dipertanyakan.Saya pikir baik-baik saja. Pak SBY juga sangat terbuka, dan mengutamakan komunikasi yang baik ya. Selama ini juga Pak SBY begitu, sangat terbuka," kata Syarief di Kompleks Parlemen, Senayan, Jakarta Pusat, Rabu (16/11/2022).
Syarief meminta publik agar pertemuan keduanya tak dikaitkan dengan dinamika-dinamika politik yang telah berlalu. "Ya saya pikir sih yang dulu, yang lewat ya sudah lah, lewat," tandasnya.
Senada dengan Syarief Hasan, Wasekjen DPP PDIP, Saderestuwati, juga menyebut momen SBY-Mega menunjukkan hubungan keduanya memang tidak ada masalah.